任何藥物都難免有一些副作用,日本藤素也一樣,有時會引起周圍血管的輕度擴張,日本藤素副作用表現為面部潮紅、頭暈、頭痛、鼻塞、消化不良等,通常易發生於較為敏感的人,不過大多是一次性的作用,短暫且輕微,不會影響性生活,日本藤素更不影響心血管功能。堅持服用日本藤素一段時間後,這些副作用會自行消失或減輕。